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III Escuela de Verano en Bioinformática

10-24 Junio de 2018, Santiago de Querétaro, Querétaro

Actualmente, los métodos introducidos en la investigación biológica se han extendido hacia disciplinas como la medicina, la biología del comportamiento, la ecología, la teoría de la información, entre otras. La mayoría de los científicos que trabajan con cuestiones biológicas descubren que para responderlas es necesario adoptar un enfoque de biología de sistemas para comprender los complejos procesos implicados en la evolución celular, individual y poblacional en su conjunto. Actualmente, los investigadores se enfrentan a la necesidad de analizar grandes cantidades de datos sin procesar, para lo que requieren bastantes habilidades de programación.

La III Escuela de Verano en Bioinformática, organizada por el Instituto de Matemáticas y el Instituto de Neurobiología de la UNAM Juriquilla, se llevará a cabo del domingo 10 al domingo 24 de junio de 2018. Se llevará a cabo en el Centro Académico Cultural (CAC), UNAM Juriquilla.

En esta escuela de verano de dos semanas, los estudiantes aprenderán a utilizar un entorno de programación Linux, además de programación práctica y análisis de datos básicos en dos lenguajes de programación de última generación: Python y R. Los cursos serán impartidos por expertos en el área. y constará de módulos teóricos y prácticos.

Las actividades de esta escuela consistirán en cursos y conferencias dirigidos a estudiantes de pregrado, estudiantes de posgrado y jóvenes investigadores interesados en adquirir conocimientos en bioinformática. La escuela se basa en una filosofía de "aprender haciendo". Esto significa que los estudiantes adquirirán habilidades haciendo ejemplos y utilizando datos biológicos reales. Durante la escuela, los estudiantes tendrán proyectos de propuesta e interés propios que desarrollarán en pequeños grupos bajo la supervisión de un asistente. No se requieren habilidades previas de programación para postularse a la escuela (aunque se sugieren), solo se requiere interés en desarrollar habilidades competentes en bioinformática.

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*** Las solicitudes ya están cerradas ***

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Programa y Cartel

  • Domingo 10 - Inauguración
  • Lunes 11 - Introducción a UNIX con Bioinformática
    Heladia Salgado Osorio, Centro de Ciencias Genómicas, UNAM Cuernavaca
  • Martes 12 - Non-model Genomics
    Selene L. Fernández Valverde, Unidad de Genómica Avanzada, LANGEBIO, CINVESTAV Irapuato
  • Miércoles 13 - Next Generation Sequencing
    Verónica Jiménez, Instituto de Biotecnología, UNAM
  • Jueves 14 - Introducción a R con Estadística
    Michael Jeziorski, Instituto de Neurobiología, UNAM Juriquilla
  • Viernes 15 - Expresión Diferencial de Genes
    Vijaykumar Muley, Instituto de Neurobiología, UNAM Juriquilla
  • Sábado 16 - Redes Biológicas
    Roberto Álvarez, Universidad Autónoma de Querétaro
  • Domingo 17 - Día Libre
  • Lunes 18 - Introducción a Python
    Marisol Flores, ENES Morelia UNAM
  • Martes 19 - Visualización de datos científicos con Python
    Augusto César Poot Hernández, IIMAS, UNAM
  • Miércoles 20 - Edición de Genomas
    Ishaan Gupta, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, USA
  • Jueves 21 - Proyecto Final
  • Viernes 22 - Proyecto Final
  • Sábado 23 - Proyecto Final
  • Domingo 24 - Proyecto Final
  • David Sankoff, University of Ottawa, Canada.
  • Peter Stadler, University of Leipzig, Germany.
  • Pedro Miramontes, Facultad de Ciencias, UNAM CU.
  • Daniela Robles, Laboratorio Internacional de Investigación sobre Genoma Humano, UNAM Juriquilla
  • Ernesto Maldonado, UNAM Puerto Morelos
  • Marcos Emmanuel González Laffitte, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Alitzel López Sánchez, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Andrés García García, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Octavio Rodriguez, Universidad Autónoma de Querétaro.
  • Viridiana Villa Islas, Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, UNAM Juriquilla
  • Bertha Guadalupe Rueda Zarazúa, Insitituto de Neurobiología, UNAM Juriquilla
  • Dulce Irene Valdivia Martínez, Universidad Autónoma de Aguascalientes
  • Esteban López, Vitagénesis S.A. de C.V.
  • Cuauhtémoc Eduardo Cortés Sánchez, Facultad de Ciencias, UNAM
  • Carlos Alfonso, Insitituto de Neurobiología, UNAM Juriquilla
  • Luis Alberto Aguilar, Laboratorio Nacional de Visualización Científica, UNAM Juriquilla.
  • Jens Steuck, University of Leipzig, Germany.
  • Carlos Alberto González, Instituto de Matemáticas, UNAM

Patrocinadores

Bioinformática

Grupo de Bioinformática

UNAM

Universidad Nacional Autónoma de México

IMATE

Instituto de Matemáticas de la UNAM

DGAPA

Dirección General de Asuntos del Personal Académico

Geociencias

Centro de Geociencias

GenoBank

Genomics data management platform

CAC

Centro Académico Cultural

IN

Instituto de Neurobiología

LNVCA

Laboratorio Nacional de Visualización Científica Avanzada

Cómo aplicar

*** Las solicitudes ya están cerradas ***

Envíe una solicitud completa que conste de un solo archivo PDF que contenga: * Una carta de motivación (cuéntanos sobre ti (en qué semestre vas, qué estudias o estudiaste, o si eres un investigador joven, postdoc, etc.) y cómo te beneficiarías de participar en esta escuela, redactada en INGLÉS)

* Una carta de recomendación (pida a su supervisor / mentor / profesor una carta firmada en INGLÉS)
* Opcional: una carta para solicitar alojamiento (dé una justificación completa de por qué lo está solicitando) *
A la siguiente dirección de correo electrónico: bioinformatica@im.unam.mx
La fecha límite para la solicitud es el 20 de abril de 2018. Se le notificará acerca de su solicitud en la primera semana de mayo de 2018.

Para cualquier duda o aclaración te invitamos a revisar nuestra sección de Preguntas Frecuentes

Querétaro

Imágenes de la ciudad de Querétaro y del campus de la UNAM en Juriquilla, Querétaro.

Cartel

Cartel

Ciudad de Querétaro

Ciudad de Querétaro

Facultad de Ciencias en Juriquilla

Facultad de Ciencias en juriquilla

Una calle de Querétaro

Una calle de Querétaro

UNAM en Juriquilla

UNAM en Juriquilla

Arcos

Arcos de Querétaro

Arcos y Ciudad de Querétaro

Arcos y Ciudad de Querétaro

Centro de Querétaro

Centro de Querétaro

UNAM campus Juriquilla

UNAM campus Juriquilla

El campus

El campus

Información importante

How to get to Querétaro?

Querétaro has two important bus Stations: North Station (located in Avenida 5 de Febrero) and South Station (the main one).

from states in the North of Mexico to Querétaro:
You can get directly by bus, some of the buses that give this service are: ETN and Primera Plus
from Mexico City to Querétaro (approximately 3 hours)
  1. From Terminal 1 of the International Airport Benito Juarez is to look for the ticket desk of Buses "Primera Plus" in front of Door 7 (Puerta 7). There is a bus to Querétaro, which runs daily every hour (price is approximately $413.00 MXN). You can visit Primera Plus Page to buy your tickets in advance. This Bus arrives to the South Station only.
  2. The Metro stop Terminal Aérea is fairly close to the Terminal 1 of the International Airport Benito Juarez. One should take the Metro in direction to Politécnico, and go out in the stop Autobuses del Norte. This stop is located just next to the North Bus Station. From the main entrance of the bus station turn right and look for the desk of Primera Plus or ETN. Here you can buy tickets to either the North Station (5 de Febrero) or to the South Station the price for either one is approx. $322.00MXN, but it's 50% cheaper if you have a mexican student ID or 14% cheaper if you buy it online
  3. There are also some departures (although less frequent) from Central de Autobuses del Sur (by ETN only) and Observatorio (Primera Plus)
    4. from the South of Mexico:

    It's easier to arrive first at México city, then travel to Querétaro

    When you arrive to Querétaro...


    from Either Station to Hotel Dos Patios (its the same distance):
    1. By bus: There are several buses that leave from the bus station, just note that you must acquire a card to be able to use the public transport, get it at the bus stop of any bus Station. TIP: You can download the "QRutas" app on your mobile phone to know the different buses routes and know which one to take:
      1. For Android: https://play.google.com/store/apps/details?id=mx.mobilepro.qrutas&hl=es
    2. Uber works perfectly well and the fares are quite good
    3. Do not attempt walking, it is NOT at all close
Our Host hotel

Students with an accomodation scholarship will be staying at Hotel Dos Patios, located in 5 de Mayo street #109 Col. Centro Histórico C.P. 76000 Querétaro, Qro.

We suggest for our students that were not granted an accomodation scholarship to stay some place near our host Hotel, since you can save a lot of money and time by using our PUMAbus service daily:

  1. If you would like to stay at our host hotel (These Options include Breakfast)
    1. Room for 4 people: $1800.00 MXN per night
    2. Room for 2 people: $1550.00 MXN per night
  2. Here are some Hostel options:
    1. Casa Azul: https://www.hostelworld.com/hosteldetails.php/Casa-Azul/Queretaro/272608?dateFrom=2018-06-10&dateTo=2018-06-24&number_of_guests=2&sc_pos=1
    2. Santa Lucha: https://www.hostelworld.com/hosteldetails.php/Santa-Lucha-Hostel/Queretaro/265317?dateFrom=2018-06-10&dateTo=2018-06-24&number_of_guests=2&sc_pos=2
    3. Itza: https://www.hostelworld.com/hosteldetails.php/Itza-Hostal/Queretaro/47907?dateFrom=2018-06-10&dateTo=2018-06-24&number_of_guests=2&sc_pos=3
  3. Here are some Airbnb options:
    1. https://www.airbnb.mx/rooms/14167654?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=ILm0rcdV
    2. https://www.airbnb.mx/rooms/16111289?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=ILm0rcdV
    3. https://www.airbnb.mx/rooms/22300029?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=T6-IMT2h
    4. https://www.airbnb.mx/rooms/10524213?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=NkYuFzye
What about the Final Project?

The final project consists of these steps:

  1. You will prepare a project proposal of maximum 2 slides (one being the title of the project)
  2. You will present the proposal on the second week of the School, in a maximum of 5 minutes.
  3. Instructors, TAs and the Organizors will check the project proposals and choose the best projects
  4. The chosen projects will be announced the next day
  5. Multidisciplinary teams of 4 must be integrated by the participants. Multidisciplinary meaning that teams must have people from exact sciences and biological or medical sciences.
  6. You will have 3 days to work on the Project
  7. On the last day of the School, you will present this project. Please note that EVERYONE in the team must present. Each member of the team will have to present one slide, hence the total number of slides must be 4 per final project (Including the title slide)
Here you will find some examples of some project proporsals presented on our previous courses. 1) Sexual Attraction Network based on Mus Musculus MHC


2) Boolean Network Analysis for Interacting Pathways in Lung Cancer



3) Expression of a Molecular Signature associated with ROS production in breast cancer

Horarios

Preguntas Frecuentes (FAQ: Frequently Asked Questions)

Contacto



Organizadora: Maribel Hernández Rosales, Instituto de Matemáticas UNAM, Juriquilla

Co-Organizador: Alfredo Varela Echavarría, Instituto de Neurobiologia UNAM, Juriquilla

Contacto: bioinformatica@im.unam.mx