Las Secciones o Departamentos de Apoyo Académico son estructuras destinadas a favorecer la labor académica del Instituto. Sus objetivos y funcionamiento se detallan en el reglamento correspondiente aprobado por el Consejo Interno. El Instituto cuenta con las siguientes secciones:

Secciones de Cómputo.

Se encargan del correcto funcionamiento y desarrollo del equipo de cómputo y la red del Instituto en cada una de sus unidades foráneas y la sede de CU.
CU - Responsable Académico: Dr. Nils Ackermann.  Responsable Técnico: M. en C. Federico Cázarez.
Cuernavaca - Responsable Académico: Dr. Aubin Arroyo.  Responsable Técnico: M. en C. Franco Toledo

Secciones de Biblioteca.

Se encargan de supervisar el buen funcionamiento y desarrollo de la Biblioteca Sotero Prieto y de las bibliotecas de las unidades.
CU - Responsable Académico: Dr. Jorge Arocha. Responsable Técnico: Dr. Felipe Meneses
Cuernavaca - Responsable Académico:  Dr. Santiago Alberto Verjovsky.  Responsable Técnico: Mtra. Ma. Pilar López

Sección de Programas Docentes.

Se encarga de la coordinación de las actividades docentes del Instituto en la sede y las unidades foráneas, en particular de los programas de posgrado en los que es institución participante.
Responsable Académico: Dr. Francisco Marmolejo

Sección de Informática Académica.

Se encarga de procesar, sistematizar, actualizar y difundir, en su caso, la información generada por el Instituto. Brinda herramientas para la captura de datos académicos, informes y planes de trabajo; provee a la Secretaría Académica de herramientas para la generación de informes institucionales.
Responsable Académico: Mat. Mónica Leñero

Sección de Difusión y Divulgación.

Se encarga de la logística relacionada con la realización y difusión de todas las actividades académicas realizadas por el personal del Instituto. Además, coordina y fomenta las actividades y proyectos de divulgación del Instituto.
Responsable Académico:  Mtra. Imelda Paredes

Sección de Publicaciones.

Se encarga de la edición, difusión y distribución de las publicaciones periódicas, series y textos que se realizan en el Instituto.
Responsable Académico: Dra. Laura Ortiz